明朝政府在对付海盗时也并非总是处于下风，诱降、招安和联合其他势力抑止其想打击的海盗成为主要的三种手段。对付王直使用的是第一种，对付郑芝龙的是第二种，而对付嘉靖和万历年间的海盗林道乾、林凤等的则是第三种——之所以将这位明朝中期的海盗放在明末海盗的后面，是因为明朝政府使用的这一手段开了一个中外合作剿灭中介者的先河，对清朝政府的海盗政策有着直接的借鉴意义。在嘉靖年间，葡萄牙人已经进入了西洋，被称为佛朗机人，和中国海盗以及倭寇一起在南海从事走私生意。明朝政府在一次针对中国海盗的追捕中抓到了一些中国海盗和葡萄牙人。但明廷一直认为中国海盗是最大的海患，于是处死了中国海盗而放走了葡萄牙人，并且为了商税和安抚葡萄牙人，准许其在南澳从事贸易，最终葡萄牙人进入澳门。在针对中国海盗的军事行动中，葡萄牙人为了自己的利益还和官兵一起联合进行军事围剿，开了中西方联合剿灭中国海盗的先河。在针对大海盗林道乾的追捕中，明朝政府要求暹罗政府联合剿杀，但是并没有成功，在随后针对大海盗林凤的追捕中，明朝政府又一次联合和林凤有仇的西班牙人，但是依然没有成功。
中国海盗之所以如此难以被剿灭，一是因为他们与东南亚国家有着良好的贸易关系，二是因为他们也得到了沿海民众的暗地里的支持。明朝政府在一筹莫展之后不得不改变严厉的海禁政策，在万历初，朝廷诏令“调停贩番，量令纳饷”，其实就是对海上贸易进行征税。此诏令发布后不仅，沿海的海盗就少了很多，基本上没有大规模的骚扰了。这也正说明了中国海盗的性质：他们是盗亦有道的商人。
在清初也曾实行过严格的海禁政策，但并不是针对海盗所为，而是对台湾郑成功势力的防守。康熙皇帝解决了台湾问题之后，立刻颁布了《展海令》，解禁海市，设立了广州、漳州、宁波和云台山四个海关，从事海上贸易。在乾隆年间为了便于管理，只保留了广州一个海关。清政府在广州设置了诸多的洋行，这是特许经营外贸的商业组织。洋行垄断对外贸易，所有外国进口货物均由其承销，内地出口货物亦由其代购，并负责规定进口货物的价格。同时他们又受清政府委托?熏行使一定的外交权，负责向外商征收进口货税，并代政府经办一切外交的交涉事宜。洋行带有官商的性质，是一种对外贸易的垄断机构。而正是由于这种贸易垄断组织的存在，一些民间贸易者在受到打压后部分转变为海盗，经过几十年的经营，到了嘉庆年间时已经颇有实力。清朝的华南海盗和明朝中后期的海盗的不同之处主要在于两者的收入结构不同。明朝中国海盗的收入主要是海上走私贸易，而清朝华南海盗在早期的主要收入来源是抢劫和绑票，在势力壮大后主要收入则是稳定的保护费。这些保护费的主要交纳者是当时通过海路经营盐业的商人，海盗们在收取保护费后甚至会为其护航，而由于官方海军力量的单薄，几乎所有的运盐船只都会向海盗交纳保护费。清政府屡次剿灭华南海盗都没有成功，因为当地很多居民为海盗提供情报甚至藏匿之处。同时西方人大量涌入中国海域，也为海盗们提供了更为先进的武器，使得在军事力量上清政府并没有优越之处。
华南海盗的发展壮大使得清政府越发担心广东沿海的政治安全，在军事力量上中国的海盗们甚至击败过西方的铁甲舰船，并且曾迫使西方人向其交纳保护费。清朝政府在镇压失败后就采取了安抚的政策，授予海盗头目一定的官职，而海盗们也配合了清政府的要求，帮助安南平定了内乱。但是在海盗首领被政府诱降后，政府就开始清洗海盗的力量，通过军事打击和计谋分化，华南海盗作为中国海上最后一支大规模海盗团体黯然退出了历史舞台。而占领华南海盗空下的那片中国海域的并不是清政府的海军，而是西方各国的坚船利炮。
明清时期的中国海盗或许是世界海盗史中最可悲的群体，他们不仅没有得到北欧海盗那样的荣誉，也没有像日本海盗一样背后有政府的支持，在作用上也理所当然无法和他们的外国同行相比。北欧海盗因其勇敢和解决了人们的生存问题而得到了国人的支持；哥伦布后的西方殖民者在某种程度上也是海盗，他们不仅劫掠到了大量的财富，而且为欧洲向资本主义转型提供了广阔的原料产地和市场，成为西方历史上最值得称赞的功臣；日本海盗不仅从中国掠夺到了大量的财物，壮大了本国的经济实力，而且由于政府的支持能够与西方殖民者进行政治、经济和文化多种层面上的交流，并迅速影响本国政治和社会。这使得日本在被迫打开国门后能够得到快速发展，并在几十年后的甲午海战中击败了中国的海军舰队。而中国海盗，只能单纯地从事海上走私贸易等经济行为，所有的经济积累都无法为国家积累财富，而且几百年来不断受到政府的镇压和围剿。这一切都是因为闭关锁国的海禁政策导致了中国海盗的悲剧结局，甚至也导致了清末中国的无数屈辱。
明清海盗作为中国海洋上的最后一道屏障撤去之后，填充空白的依然是西方舰队——这和郑和下西洋后远航历史的结束一样，同样把发现世界壮大海洋势力的空白让给了西方人。在这些空白中，西方工业革命的所有成果充斥其中，资本主义经济模式得到了原料和市场的双重支撑，科技革新以最快的速度和最大的能量转化为生产力，欧美从此成为世界上最富有的地方。而中国人则丧失了极好的拓展和交流机会，苏州松江等地的纺织业和手工业等资本主义萌芽被政府的苛刻政策所扼杀，以农为本的传统国策遏制了被视为末节的商业发展——中国人在几百年中两次重大的退让，不仅让西方人得以占领东南亚和世界上所有的大洋，而且也让西方人远远强于中国人，天朝上国的历史就这样断送在两次退让之中。而随后政府的努力就不得不承担更多的屈辱和艰难。 |
