孔氏家族起源于何时？其先祖为何人？这是我们首先要谈到的问题。
据《孔庭摘要·本源》记载，黄帝传了三代到帝喾，帝喾有个儿子叫契，尧、舜时为司徒，因为辅佐帝王教化百姓有功，被封到商地，赐给子姓。契传了十四代到天乙，也就是成汤，革夏朝之命而统治天下，到盘庚时改商为殷，所以孔丘曾说“丘殷人”。按照这一说法，孔子当为黄帝、少昊之后。
《孔氏姓源》甚至还煞有介事地编造了一个少昊以下至孔子的孔氏世系图谱：
玄嚣(少昊)——鑝极——帝喾——契——昭明——相土——昌若——曹圉——冥——王亥(振)——微——报丁——报乙——报丙——主壬——主癸——天乙(汤)——太丁——太甲——太庚——太戊——河甲——祖乙——祖辛——祖丁——小乙——武丁——祖甲——康丁——武乙——太丁——文丁——帝乙——微子启——仲思衍——宋公稽——丁公申——公共——弗父何——宋父周——世子胜——正考父——孔父嘉——木金父——祈父——防叔——伯夏——叔梁纥——丘
如此以来，孔子就成了少昊第四十八代孙。说孔子是黄帝、少昊后裔，显然是无稽之谈。因为迄今为止，黄帝、少昊还只是传说中的人物，我们甚至连他们是人名还是部落的名称都还没弄清楚。但书中称的“丘殷人”，是微子启之后，却是符合历史事实的。
《史记·孔子世家》开篇即说：“(孔子)其先宋人也。”宋国的始祖是微子启。微子启，是商王帝乙的长子，商代最后一个王纣王的庶兄，子姓。孔子自然也就是商人的后裔了。商代的开创者是商汤，为古之圣人，孔子自然也就是圣人的后裔了。
微子启既然是孔子的远祖，写孔子家族的历史，首先就要从微子启谈起。
据《吕氏春秋》记载，微子启的母亲为妾时生微子启，后来其母被扶正，生帝纣。帝乙立纣为王，封微子启为卿士。《史记集解》引孔安国的话说：“微，畿内国名；子，爵也。”由此我们知道，微是启所封国名，子是爵名，启是其本名。《史记·宋微子世家》作微子开，是为了避汉景帝刘启之讳。
微子启被封的微国，到底在何处？有人认为在今山西省潞城县东北十五里的微子镇，有人说在河南商丘一带，也有人认为在原山东寿张县西北的故微乡，说法不一。因皆无确凿的史料根据，故不好肯定。
关于微子启其人，《史记·宋微子世家》记载得非常详细：微子开(因避汉景帝刘启的名讳，故改“启”为“开”)，是殷朝帝乙的长子，帝纣的庶兄。纣王即位后，统治黑暗，不务国政，淫佚奢侈，微子多次进谏，纣都不听。等到祖伊因周西伯姬昌修行德政，国势强盛，微子担忧灾祸降临殷朝，便又来奉告纣王。纣王却说：“我生有命，决定于天，周西伯又能把我怎么样呢？”于是微子估计纣王最终也不能接受劝谏，想要一死了之，或离开纣王，自己又无法决断，便去询问太师、少师：“殷朝已经没有清明的政治，不能很好地治理四方。我们的祖先在上世贡献了才力，取得了成功，而纣王现在却一味沉湎于酒色，听信妇人之言，扰乱败坏汤王的德政。殷朝上下都热衷于草野盗窃、犯法作乱，卿士们也互相效仿，违法乱纪，使得人人有罪，自然他们的爵禄也就无法继续下去。朝廷既乱，百姓便各起于四方，互为仇敌，天下失去了谐和的局面。现在，殷朝的国典丧失了！这就如同想要渡河而找不到渡口、看不到边际一样，找不到出路。殷朝的灭亡，已指日可待了。”微子又说：“太师、少师，我将何去何从呢？我们殷朝还能保住吗？现在你们无意告诫我，我将陷于不义，那么应该怎么办呢？”太师、少师说：“王子啊，天帝降临灾祸灭亡殷朝，纣王竟然上不畏天、下不畏民，又不采纳长者老者的意见。现在殷人竟然违背和诬秽神癨的意旨。今天，假如真能救治殷朝，国家治理好了，即使自己牺牲，也终不悔恨。但假如自己死了，国家还是得不到治理，那就不如离去。”于是，微子离开了殷朝。
纣王荒淫无度，微子启数次劝谏，纣王不听，微子转而与太师、少师讨论如何面对这样一个现实。太师、少师从殷民族的未来出发，劝其逃亡。《尚书·微子》的记载与此大致类似，但关于三人的谈话更详细、更清楚：微子说：“父师、少师呀，我们的国家将要灭亡了，天下正在大乱。过去，我们的祖先成汤建立了国家，而现在我们作为子孙，却沉溺于酒色，败坏祖先的大德。现在，殷国上下没有一个不盗窃犯科的，就连卿士们也互相效仿，违法乱纪。做坏事的人，竟然得不到应有的惩罚。平民百姓自然就会起来反抗，互为仇敌。现在的殷国就要灭亡了，就如同要渡过大河，却找不到渡口、看不到边际一样，找不到出路。殷朝的灭亡，已指日可待了。”又说：“父师、少师呀，我就要走了，我要率领一家老小逃到外边去了。现在你们无意告诫我，我将陷于不义，那么我又该怎么办呢？”父师、少师说：“王子啊，上天将降灾祸，要灭亡殷朝。而纣王竟然还沉湎于酒色，上不畏天、下不畏民。他为所欲为，不听长者老者的劝告。现在殷人竟公然盗食祭祀用的牺牲，也受不到惩罚。上天已经看到了殷人用杀人和树敌的手段聚敛财富，已经看到所有的罪行都集中到一个人身上了，但我们却没有一个人能明确告诉他。上天将要降灾祸于殷了，我们将与国家一起接受失败。商朝将要灭亡了，我们做臣子的也是没有办法呀。您快离开这里吧，王子，您本来是应该立为王的，您要是不离开这里，殷国将来就没有人祭祀了。各人找各人的出路吧，每人都应该选择一条对得起先王的路。我们是不愿意离开这里的。”
最终的结果是，父师、少师选择了留下，与殷共存亡。微子启则选择了离开。与之相关的另两个人物是，箕子仍然劝谏纣王，纣王不听，箕子乃佯装疯狂，被贬为家奴；而比干冒死直谏，结果被纣王剖心而死。
微子离开纣王之后，投奔了西伯姬昌。
周武王伐纣克殷后，微子便手持祭器来到军门，袒胸露肉，两手绑在背后，让人牵着羊(犒劳周师)，拿着茅，跪在地上前行向武王谢罪求告。茅草是祭祀时沾酒用的，交出茅草，表示交出祭祀权，真心投降。于是武王就释放了微子，恢复了他原来的爵位。武王死后，成王继位，之后发生了管叔、蔡叔之乱。周公平定管、蔡之乱后，大封诸侯，封微子启于宋地，建立宋国，以代殷后，并作《微子之命》来告诫他。
司马迁在《孔子世家》中只告诉我们，微子启本来就仁义贤能，代替武庚后，殷的遗民百姓十分爱戴他。但并没有记下《微子之命》的内容。倒是若干年后，东晋梅赜所献的《古文尚书》中有这么一段记载：周成王说：“你是殷王的长子，考察古代，只有能尊崇有德之人，向贤者学习，完全继承先王，修先王之礼法，为国家做事，才能与国家一样美好，永世无穷。你的祖先成汤，能和圣人一样伟大，上天保佑他，让他做了天子。他对人民宽厚，把有害于人民的事情都除去了，在当时，他的功劳很大，他的德行一直传到他的后裔。你应当按照你的祖先的办法去做。你过去也有好的名声，做事谨慎，孝顺父母，对神与人都十分尊敬。我表扬你做的好事，希望永远不会忘记你做的好事。上天按时享受你的祭祀，下民也很和好。因此，让你居上公之位，到东方去作国君。你要谨慎啊！到那里去宣布你的教化，对于你所担任的职务，要十分谨慎。一切按照过去的规定去办，保卫周王室。发扬你祖宗的事业，把下民管理好。永远保持君位，辅助我一人。你的后世，代代受你的保护，万国以你为榜样。使我周朝永远不厌恶你。高兴地去吧，不要违背我的命令！”
由于《古文尚书》被后来的学者们判定为梅氏伪作，所以这段话的价值就大打折扣了。事实上，这段话也没有谈到具体的史实，只是把《孔子世家》和《尚书》的史实加以发挥罢了。因而，我们不妨可以把这段话看作是晋代人的一种观点、一种态度，即在晋代人看来，周王对微子启的要求和期望就是这样。结合上述的史实看，这倒是很合乎情理的。
微子启身为人臣，在国家即将灭亡时，虽然没有像父(太)师、少师那样选择与国家共存亡，也没有像箕子、比干那样犯颜直谏，但由于纣王暴虐无道，后人对微子启的评价也还是很高的。在周武王伐纣之后，微子又投降了商朝的敌人，按一般常情来说，这是不对的。但是纣王从来都是被当作暴虐之君，而周文、武王却是仁义之师，所以微子的降周也被称作是仁者之举。孔子从来不以“仁”字轻易许人，但孔子说“殷有三仁”，说的就是微子启、箕子和比干。在孔子看来，他们三人的做法尽管不同，但都是符合“仁”的要求的。 |
