朱元璋起自布衣，也许正是因为如此，使他比较了解社会的真实情况。朱元璋认为元朝灭亡 正是由于权威下移，君主为臣下所蒙蔽，不了解民情，政策也得不到坚决贯彻。朱元璋常常 思考如何建立一种政治体制，确保不会出现主荒臣专的局面。
改革政治体制。在明代以前，历朝大体上沿用秦始皇所创立的君主之下设宰相辅政的政治体 制框架，只是相权的形式和职权的大小略有不同。明朝初年，也基本沿用汉唐旧制，直接承 太祖像袭元朝旧制，在中央设三大府：中书省，下统六部，职掌行政事务；大都督府，统管 军事；御史台，职掌监察事务。地方设行中书省，置平章政事，总管地方事务。但朱元璋对 此很不满意，他亲自设计、制定了几项重要的政治制度，对以往政治制度进行了大胆的变革 和创新。
他首先从地方机构改革着手。洪武九年（1376），朱元璋下令撤销行中书省，设立承宣布政 使司、提刑按察使司和都指挥使司，分掌行政、司法、军事权力，三者地位平等，互不统摄 洪武刻本《皇明祖训》，向中央负责。全国分为浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山 东、广东、河南、陕西、湖广、山西十二个布政使司，洪武十五年（1382）增设云南布政使 司。
而朱元璋更为关心的是中央机构的改革。洪武十三年（1380），他借口胡惟庸谋反，趁机宣 布撤销中书省，不设丞相，提高六部职权，分掌天下事务，直接向皇帝汇报。“罢宰相不设 ，析中书省之政归六部，以尚书任天下事，侍郎贰之”。朱元璋惟恐后世子孙不理解自己的 苦心，特意在《祖训》中明文规定不许变乱旧章：“以后子孙做皇帝时，并不许立丞相。臣 下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。”同时将掌管全国军事的 大都督府一分为五，改为前、后、左、右、中五军都督府，分领所属都司卫所部队，但无权 调兵。
朱元璋进行上述变革和调整的根本目的是进一步强化君权，主要手法是分化、弱化大臣之权 ，他对地方行省、中书省和大都督所作的一系列变革莫不如是。朱元璋罢丞相，是对一千多 年中央政治制度的一次重大变革。不设丞相，六部直接将全国政务奏请皇帝裁决，实际上是 皇帝兼行相权。皇帝不得不处理更多的政务，据说朱元璋每天要看200多份奏章，处理400多 件政事，相当辛苦。由此，专制主义皇权到了朱元璋手中得到了空前的加强，他也成为历史 上最有权势的皇帝之一。不过，如此高度集中的皇权也会产生负面影响，因为没有相应的约 束机制，明代中后期皇帝为所欲为，极度腐朽，甚至数十年不上朝。
设立特务组织。朱元璋生性雄猜，加强了对大臣的监视。开始时，他派遣一些检校、佥事明 骑马武士俑等人暗中侦查大臣的举动，也没有逮捕和审讯的权力。当时最著名的特务是高见 贤、夏煜、杨宪和凌说，专门刺探别人的阴事，“四人以伺察搏击为事”，“专主察听在京 大小衙门官吏，不公不法及风闻之事，无不奏闻”。“惟此数人，譬如恶犬，则人怕”。朱 元璋的目的很明确，就是要让大臣对自己和大明江山忠心无二，要他们知道恐惧，防止他们 营私舞弊、结党乱政。事无巨细，家长里短，都被朱元璋探知。有一个非常有名的例子，可 以看出当时的恐怖情景。钱宰被征编《孟子节文》，罢朝回家做了一首诗：“四鼓冬冬起着 衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”第二天上朝时，朱元璋告诉他 昨天诗作得不错，只是并没有“嫌”他迟，不如改成“忧”字更好些。钱宰听后大惊失色， 吓得直磕头谢罪。类似的事例还有很多，所以大臣们都提心吊胆，就连李善长、徐达这样的 功臣也人人自危。
洪武十五年（1382），朱元璋为了加强监视，特别设立了特务机构锦衣卫，成为他实行特务 政治的重要手段，也形成了历史上有名的明代特务政治。锦衣卫隶属于皇帝的亲军体系，长 官为指挥使，下领官校。官为千户、百户，校为校尉力士，因穿橘红色服装，骑马，故又称 “缇（ｔí）骑”。明初“缇骑”只有数百人，明中后期达到十几万人之众。锦衣卫下设镇 抚司，有监狱和法庭锦衣卫木印
，成为“诏狱”，直属于皇帝，权力很大。锦衣卫职掌“侍卫、缉捕、刑狱之事”。太祖时 ，“天下重罪逮至京者，收系狱中，数更大狱，多所断治，所诛杀为多”。
朱元璋设立锦衣卫为明代后来的皇帝做了一个恶劣的开端。永乐十八年（1420），成祖朱棣 在锦衣卫外，另设东厂，因设于东安门北而得名。成化十三年（1477），宪宗设西厂，由汪 直统领。正德初年，权阉刘瑾奏设内行厂，自领之，职权更广，虽锦衣卫、东厂、西厂亦在 侦缉范围之内。正德五年（1510），随刘瑾被诛而内行厂废止。终明一朝，西厂、内行厂存 在时间不长，而锦衣卫、东厂则存至明亡。这些特务机构，成为维护皇权的重要手段，但更 多的时候是被专权的太监如刘瑾、魏忠贤等人所利用，成为打击报复大臣的有力武器，不知 有多少忠臣惨死其中。
朱元璋所进行的这些制度更张，尽管后世或臧或否，评价不一，但基本实现了他的初衷，也 算称心如意。只是有一件事，却困扰了他近30年，迟迟无法解决。
陷入定都困扰。朱元璋登基称帝前后，对于国都的确定几经周折。最初朱元璋参加农民起义 军后，一直活跃在江淮之间。然而这里土地贫瘠，民生艰苦，而且接近元朝的军事力量，不 利于自己的发展壮大。为了谋求更大的发展空间，成就不世之伟业，必须另择一个既有经济 保障又地形险要的根据地，这样金陵就进入了朱元璋的视野。金陵，北有长江天堑，为形胜 之地，三国吴，东晋，南朝宋、齐、梁、陈，五代十国的南唐都曾以此为都城。冯国用首先 向明南京城墙朱元璋建议攻取金陵，“金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本，然后四 出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也”。陶安也建议先取金陵，据形势 以临四方。叶兑也上书请求定都金陵，然后就可以拓地江广，进军两淮，北征蒙古，退军又 可以据长江以自守。元至正十六年（1356），朱元璋听取谋士的意见，攻取金陵，改称应天 府，修建宫殿，以此为争夺霸业的基础。此后十余年间，朱元璋南征北战、四出征讨，将江 南群雄依次消灭。洪武元年（1368）正月，朱元璋在应天称帝，在即位诏书中称应天为京师 。
然而朱元璋只是暂时肯定了应天作为京师的地位，并没有正式确立国都。作为自己成就霸业 的地方，朱元璋为何不肯确立应天为国都呢？首先，朱元璋觉得以应天为国都的历朝都是气 数不久，似乎不太吉利。其次，有些大臣认为“有天下者，非都中原，不能控制奸顽”，明 南京聚宝门藏兵洞
而且应天偏处江左，在位置上作为国都不是十分理想。三月，朱元璋派兵攻取汴梁。许多人 建言定都汴梁。朱元璋很重视，于四月亲自前去实地考察。他认为汴梁虽然位置适中，但是 无险可守，四面受敌，论形势不如应天。八月，朱元璋正式下诏，以应天为南京，汴梁为北 京。朱元璋既然对汴梁不甚满意，为何又要定为北京呢？原来他考虑到汴梁是宋朝的旧都， 北上征讨元朝时可以唤起北方民众的民族情感，有很大的号召力；而且当时西北未定，需要 将汴梁作为运送粮草和补充兵力的基地。
虽然确定了应天、汴梁的两京制度，但是朱元璋并没有修建汴梁的打算，他还在寻找更加合 适的地方。洪武二年（1369）八月，平定陕西。在这种情况下，定都之议再起。九月，朱元 璋召集大臣商议国都之地。大臣各抒己见，主要集中在长安、洛阳、应天、汴梁、北平等地 ，“或言关中险固，金城天府之国；或言洛阳天地之中，四方朝贡，道里适均，汴梁亦宋之 旧都；又或言北平元之宫室完备，就之可省民力”。朱元璋在分析各地利弊之后，提出了以 临濠为中都的想法，“所言皆善，惟时有不同耳。长安、洛阳、汴京，实周、秦、汉、魏、 唐、宋所建国，但平定之初，民力未苏息，朕若建都于彼，供给力役悉资江南，重劳其民。 若就北平，要之宫室不能无更，亦未易也。今建业长江天堑，龙蟠虎踞，江南形胜之地，真 南京莫愁湖胜棋楼（传说太祖与徐达在此下棋）足以立国。临壕则前江后淮，以险可恃，以 水可漕，朕欲以为建中都，何如？”临濠在元朝时称为濠州，洪武七年改称凤阳，是朱元璋 的家乡，群臣岂敢有异议？这样，明初就形成了南北两京、中都并存的情况。从九月开始， 朱元璋下令仿照南京规制在临濠营建中都。他之所以决定以临濠为中都，甚至一度想迁都临 濠，除了这里是他的家乡，还与优待淮西功臣集团有关。众所周知，朱元璋在起兵反元建立 明王朝的过程中，淮人多随同他东征西讨，立下功劳，成为开国功臣，包括丞相李善长、徐 达和功臣汤和、耿君用、耿炳文、郭兴、郭英、周德兴、常遇春、陆仲亨、曹震、张翼、陈 桓、谢成、李新、何福、张龙、张赫、胡泉、陈德、王志、唐胜宗等人，其中汤和与周德兴 还是朱元璋同村伙伴。能够光宗耀祖、荣归故里，当然是他们所愿意的。
然而洪武八年（1375）四月，朱元璋在巡视中都修建情况后，突然下令停止修建。此时中都 修建达6年之久，已经颇具规模。停建的理由是劳民伤财，其实更深层次的原因是朱元璋与 淮西功臣集团矛盾日益加剧。淮西功臣恃功自傲，多有违法乱纪之事，而且在朝廷中结党谋 取私利，与朱元璋加强皇权背道而驰。他担心在淮西功臣集团的老家建都，会更加助长他们 势力的膨胀。洪武十一年（1378）正月，朱元璋下诏改南京为京师，定都问题才算告一段落 。
其实，朱元璋对南京一直不是很满意，迁都的想法从来没有打消过。洪武二十四年（1391） ，朱元璋派太子朱标巡视关中，颇有迁都关中的打算。当时，明朝的主要威胁是蒙古草原上 的北元残余力量。迁都西北，可以加强北方边防，安定边界。朱标考察了西安和洛阳，比较 两地地形，回来后向朱元璋献陕西地图。不料世事无常，太子朱标于第二年病逝，使朱元璋 受到沉重的打击，再也没有精力和心情考虑迁都的问题了。他在当年年底亲自撰写的一篇祭 灶文中，表达了万般无奈的心情：“朕经营天下数十年，事事按古就绪。维宫城前昂后洼， 形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。且兴废有数，只得听 天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”听起来真是异常的凄凉，也能感觉到国都问题一直令朱元 璋不能释怀。
朱元璋这样费尽苦心地更张制度，反复斟酌定都问题，无非是因为天下得之不易，希望能世 代固守，传之久远。因此，他不会允许任何人对其统治和权力构成威胁，甚至那些被他认为 会对其子孙的统治构成威胁的人，他都会毫不手软，必欲除之而后快。
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