1881年夏，宋嘉树进入杜克大学圣三一学院，成为该校惟一的外国学生。
由于事前没有作过正规学院学习的准备，宋嘉树在圣三一学院被作为一名"特别生"，教授们同意让他上课程紧凑的预备班，把其他学生用10年学完的读、写、算压缩到只用几个月学完。教授们集中力量教他学好英语，并使他完全沉浸在《圣经》里。
在圣三一学院学习期间，宋嘉树住在一位教授家里，但却在院长克雷文家里学习。对宋嘉树来说，这是一种最有益的安排，院长夫人是一个优秀的家庭教师，她对这个年轻的中国人很快产生好感，许多晚上，她同他坐在一起，耐心地帮助他准备功课。
对查理来说，要他完全领悟、熟识西方文化和神学并不是容易的事，但是，他是一个敏捷的仿效者，他的记忆力出色，即使难以理解，也能够死记硬背地接受下来，并且能够流利地复述他读过的《圣经》上的词句和他从布道会上听到了只言片语的说教。
他的老师对于他善于仿效的才能颇为赞赏，校长克雷文博士在他进校一两个月后就在年度报告中评价道："他每一个方面都很出色，专心学习，一定会成功"。
1881年圣诞节，在圣三一学院的小教堂里为宋查理举行了一个令人印象深刻的仪式，院长克雷文亲自兼任本堂牧师。那个星期日的布道主题是"到全世界去向每一个人宣布福音"。并且向查理宣布了他的任务。这次布道会唱了许多圣歌，人们纷纷同查理握手。
宋嘉树深深地感受到了美国人为自己未来安排的使命。
宋查理独在异乡为异客，已渐渐习惯了神学院的生活。但是最初，这位与众不同的外国学生被同学们认为是一个怪人，班上一些调皮的男生常常拿查理开玩笑，取笑他是一个"秦尼"(Chinese中国人)，还拿他的名字逗乐。
然而，他的同学很快发现，像宋嘉树这样的人物不可忽视，他反击这类恶作剧也不遗余力，并且练得伶牙俐齿。小伙子们发现，他是一个有吸引力而热心的活跃分子，非常热情肯干。
外表俊逸洒脱、性格开朗随和的宋嘉树在姑娘们中也很得人缘。他常常使用幽默、风趣的谈吐逗得女孩子们发笑。一个年龄同他相仿的姑娘说："你知道吗，他一点也不像中国人。穿着讲究，举止潇洒，事实上非常彬彬有礼，就像一个绅士那样。"
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