国民党政权败退台湾之初，形势极为险峻。政治上，众叛亲离，人心涣散；经济上，百业凋弊，入不敷出；军事上，残兵败将，防备废弛。
为了稳定人心，蒋介石不惜弃自己亲订的"中华民国宪法"于不顾，1950年3月1日，在台北自行宣告复"总统"职，"名正言顺"地走到台前，再建独裁统治。
在复权的过程中，痛定思痛，蒋介石也曾从政治、经济、军事各个方面总结过国民党政权大陆惨败的血的教训，认为要"守得住"台湾，并进而"反攻复国"，首先必须在经济上建设台湾，而要发展经济，又必须改革政治，改造已腐败不堪的国民党。正是在台湾国民党的改造运动中，蒋介石重建蒋家王朝于台湾的最重要的战略部署--"父业子承、培植蒋经国接班"的计划，开始逐步实施。
蒋经国在台湾国民党权坛正式亮相的第一个职位，是"国防部政治部主任"，后改"总政治部主任"，编阶为二级上将。
这是蒋介石让蒋经国全面涉足军界、抓枪杆子的精心安排。
由于蒋经国在国民党军队中资历甚浅，素无军功，高官陡升，自然有人不满、不服。原"空军总司令"周至柔与蒋经国"总政治部主任"任命令发布的同时，晋升为一级上将参谋总长。据传周至柔曾对前来"贺吉"的人发牢骚："现在连老百姓都可以当上将，我在沙场拼了几十年命才升了这么一个一级上将，想想也没有什么可喜。"这话后来传到蒋经国耳中，他始终在"总政治部主任"的任期，从未穿着上将军服在公共场合露面。
蒋经国深知自己涉足军界，根基不深，因而采取了稳打稳扎、步步为营的长期经略的策略。为了培养自己的子弟兵，蒋经国上任后不久即开始筹划建立政工干校。
1952年，蒋经国的"黄埔"--政工干校在台北北部的复兴岗正式开学。他亲自任命嫡系胡伟克、王永树、王升先后出任校长，为他培养门生，准备干部。
蒋经国对于政工干校，一直抓得很紧，从不容他人染指。胡伟克以"总政治部副主任"的身份出任第一任政工干校校长，一度曾"忘记"了自己是蒋经国副手的身份和地位，将政工干校搞成了"胡记"的"势力范围"。结果，蒋经国不得不经常到政工干校去上班，主持升旗仪式，进行训话，并进而设"总政治部主任办公室"于政工干校校内。最后，胡伟克只得交出校长位置，退隐赋闲去了。
蒋经国就任军职之时，正值台湾国民党政权内外交困、朝不保夕的危难关头。从大陆败退下来的国民党残兵败将，人心涣散，武备废弛。为了"挽独澜于既倒"，蒋经国秉承蒋介石的旨意，对国民党军队进行全面整肃，在全军重建政工系统，用"三民主义"来训练国民党官兵，要求他们明确"为谁而战，为何而战"，他经常出现在"海防"第一线和各基层单位，和士兵们同吃同住，一起"谈心"。
当一江山岛被中国人民解放军攻占，以及国民党被迫放弃大陈岛时，身为"总政治部主任"的蒋经国坚持到最后撤离，赢得了国民党官兵的折服。几年工夫，蒋经国就在国民党军队中奠定了自己的根基。
除了"总政治部主任"的任职外，蒋介石"复职总统"后赋予蒋经国另外两项更重要的使命；负责监督筹划情报业务和对大陆游击活动的指挥派遣。
1949年7月，蒋介石在高雄成立以唐纵为召集人包括蒋经国在内的"政治行动委员会"，基本任务就是"统一所有情报工作，并使之"充实、强化"。1950年蒋介石又将"政治行动委员会"改组为"总统府机要室资料组"，由蒋经国出面总负责，凡一切党政特务机构，统归其管辖调动。
为了统揽全权，排解异己，精明和逐渐成熟的蒋经国采取打拉结合的战术，建立起了"惟我独尊"的特务王国。
在蒋介石的精心安排下，蒋经国在国民党内的地位也稳步上升，开始全面介入到决策层。1950年七八月间，蒋介石酝酿已久的"中国国民党改造方案"正式公布，开始实施。这场"改造运动"的领导机构"中央改造委员会"，摒弃了国民党的元老级大员，大多以"新生代"充任，16名成员中，最引人注目的新人，则属年方40，党龄仅12年的蒋经国。与此同时，原来人数宏杂的"中央执行委员会"和"中央监察委员会"撤销，改以25人的"中央评议会"代替。
1952年，国民党"七全"大会召开，蒋经国被推选为国民党中央委员。随后的七届一中全会，蒋经国又被蒋介石指定为国民党中常会委员。至此，蒋经国在国民党的权力中枢享有举足轻重的发言权。
蒋经国一向是以"青年领袖"自诩，大陆时代曾长期经营三青团。国民党败退台湾后，蒋经国为了配合父亲蒋介石的"反共抗俄总动员"运动，再次把手伸向青年。1952年10月"中国青年反共救国团"成立，蒋介石兼任团长，蒋经国亲任主任。
在蒋介石的精心策划和全力支持下，蒋经国在党、政、军、青、特各条战线全面出击，放手抓权。短短几年内，就在台湾国民党政权的核心层面站稳了脚跟，成为令人瞩目的新一代政治强人。
1954年，为了平息因"吴国桢事件"而引起的台湾内外对蒋经国"擅权"的普遍非议，蒋介石安排蒋经国调离"总政治部"，出任"国防会议"副秘书长的新职。
在台湾国民党政权的权力结构中，"国防会议"后改为"国安会议"，它是一个地位和性质极特殊的一个机构，因人而设，主席由蒋介石自兼，主持日常工作的是秘书长。
因此，蒋经国由"总政治部"的前台淡出而转就"虚"位，名分一同，权力如旧，实际上是以退为进，成为名副其实的秘密警察头子。
1956年，台湾当局创立了"国军退除役官兵就业辅导委员会"，主任严家淦，蒋经国出任副主任代理主任。第二年，蒋经国扶正，全面掌管"辅导会"的工作。直到1964年，蒋经国就职"国防部副部长"，"辅导会"主任才由赵聚钰暂代。在"辅导会"，蒋经国一直干了8年。
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