随后，麦可伊的照片又被送到了圣昆廷监狱。那名曾经见过劫匪真面目的逃犯一下子就在一组照片中挑出了麦可伊的照片。至此，案情取得了突破性进展。
这时候，联邦调查局华盛顿总部的工作人员给卡拉姆打来电话，告诉他麦可伊的笔迹和指纹鉴定结果出来了。
笔迹鉴定专家认为，劫匪手写的纸条上的文字就是麦可伊的笔迹。
指纹鉴定专家确认，劫匪座位上的那本《主干线列车杂志》上的两个指印和麦可伊的指纹完全一致。
现在，警方终于可以对理查德·麦可伊下逮捕令和搜查令了。
1972年4月9日拂晓，十几名特工包围了理查德·麦可伊的住所。一切准备就绪后，卡拉姆敲响了麦可伊家的门，此时远处已经有好几名特工将枪口对准了门口。
这一天麦可伊起了个大早，准备去国民警卫队上班。听到敲门声，他以为是送报纸的来了，于是打开房门。当他看见门外站着这么多特工时，马上意识到了什么。他伸手想关门，但是已经晚了，躲在门旁的特工拿着枪一拥而入，很快就将麦可伊制服了。麦可伊或许能从半空中逃脱，但在地面上，他只能束手就擒。
麦可伊被押走了，卡拉姆带人对他的住所进行了搜查。他们在卧室的壁橱里找到一个布袋，里面装着头盔和降落伞。他们在床下搜出一把手枪和一颗手榴弹。熟悉手榴弹的特工一眼就看出，这是一颗哑弹。
此外，特工们还在抽屉里发现一个文件夹，里面全是有关D.B·库珀劫机案的报道。
接着，特工们在储藏间里看到了更令人震惊的一幕。当他们搜查一堆看似已经废弃不用的纸盒时，结果在一个纸盒里发现了一个塑料袋。他们打开塑料袋一看，里面装着许多崭新的美钞，他们数了数，一共是499970美元，50万赎金只少了30美元。卡拉姆拿出当时为劫匪准备赎金时记录下来的钞票序列号，结果发现，这些序列号和他们搜出的钞票序列号完全相符。
劫持美国联合航空公司855次航班的人终于找到了，在劫机事件发生仅仅两天后，嫌疑犯理查德·麦可伊就在犹他州普罗沃城外的家中被抓获，然后被关进了盐湖城监狱。一直在追踪这起劫机事件的新闻记者得到消息后纷纷进行了报道。麦可伊顿时成了美国家喻户晓的人物，他居住的普罗沃市也顿时沸腾了，人们对他的所作所为议论纷纷。
只经过两天的调查，联邦调查局的特工就成功破获了这起策划周密的劫机案，他们的行动可谓无懈可击。但是他们并没有满足，他们很想找出麦可伊与D.B·库珀之间的联系，于是开始进一步调查D.B·库珀劫机案。
这两起案件确实有很多相似之处。劫匪都使用了化名，而且在实施劫机行动时都化了装；劫匪的飞行指令都是按照美国联邦航空局的格式事先打印好的；劫匪将乘客转移到飞机前端以及最后释放乘客的方式也是如出一辙；最相似的当然还要数他们非同寻常的逃脱手段。他们都是利用波音727客机设计上的缺陷，从机舱尾部跳下飞机的。调查人员推测，麦可伊跳伞时使用的并不是他在旧金山机场索要的降落伞，而是他自己随身携带的降落伞，而且很可能是一顶运动降落伞，因为这样的降落伞有利于躲避搜捕人员。在跳伞的时候，他很可能把钱藏在了跳伞服内。他的着陆地点一定是在搜捕人员的搜查范围之外，否则一定会被发现。D.B·库珀跳伞时的情况很可能也是如此。
调查人员还仔细比较了D.B·库珀的轮廓图片和理查德·麦可伊的照片，他们的外形、年龄、身高、体重几乎都一样，而且两个人作案时穿的都是黑色衣服，系黑色领带，戴假发和墨镜，几乎完全相同。
然而，最容易使人将麦可伊和D.B·库珀联系起来的是，D.B·库珀将一根领带和一个领带夹遗留在了飞机上。麦可伊的亲友们经过辨认，确认这两件物品都是麦可伊的。
但是这些都只是间接证据，警方并没有在D.B·库珀劫机事件中找到麦可伊的指纹或笔迹，也没有证据能证明他在案发当天的行踪，而且那笔赎金也无影无踪。最终，调查人员只好放弃了将麦可伊和D.B·库珀联系起来的想法。
1972年6月26日，理查德·麦可伊就4月7日劫机案接受了法庭审判。联邦调查局出示了笔迹、指纹等证据以及在他家中找到的武器和赎金，目击证人也当庭认出了他。结果，陪审团只用了90分钟就裁定麦可伊罪名成立。
在宣判之前，联邦缓刑监督官伯尼·罗兹向法官提出了缓刑建议，因为他还有进一步的想法。他认为这是从麦可伊嘴里了解D.B·库珀有关情况的最后机会。但是麦可伊矢口否认自己和D.B·库珀劫机一案有任何牵连，他说当D.B·库珀从华盛顿上空跳下来时，他正和妻子待在家里。当罗兹进一步追问他是否就是D.B·库珀时，麦可伊就不再开口了。
最后，由于没有造成人员伤亡，理查德·麦可伊被判处45年监禁，他将在宾夕法尼亚州的刘易斯堡监狱服刑。
至此，一起轰动了整个美国的劫机事件终于划上了句号，然而，故事并没有到此结束。
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