淞沪抗战开始后，顾祝同被任命为第三战区副司令长官(司令长官为冯玉祥)兼第五集团军总司令，并负实际指挥责任，先后指挥张发奎第八集团军、张治中第九集团军、刘建绪第十集团军、陈诚第十五集团军、薛岳第十九集团军及朱绍良、罗卓英、胡宗南、廖磊、刘兴等部约70万人，奋勇抵抗，重创日军，为中央政府和上海的撤退争取了必要的时间。
南京失守后，蒋介石重新划分战区，顾祝同被任命为第三战区司令长官。第三战区包括江苏南部、安徽南部、江西东北部及福建浙江两省。该地区是中国的经济重心，与日伪防区接触范围大。顾担任第三战区司令长官前后长达八年，经历整个抗战时期，这在整个抗战时期是绝少的。顾利用战区有利条件，以建立战时经济为名，大搞走私贸易，纵容部下发了一笔国难财。整个抗战期间，顾祝同的第三战区采取消极防御战略，并未利用自己的有利战略位置向日寇出击，基本上未打过大仗。正面战场上的大战役多发生在其他战区，三战区进行过的较大战役仅为浙赣战役。这次会战历时约三个多月，日军集中九个师团以上的兵力，经过苦战，付出惨重代价，实现了预定目的。据日军战史记载，日军死伤28900多人，损失酒井师团长等，并失去战马2600多匹。中国守军由于缺少必要的通讯联络及判断失误，第三战区未能实现与日军决战的计划。
然而在对付共产党新四军方面，顾祝同却是全力以赴，臭名昭著。他亲手制造的皖南事变震惊中外。蒋介石对于顾祝同忠心事主卖力反共是很赏识的，1945年1月底，顾祝同升任赣州行辕主任兼第三战区司令，统一指挥三、七、九战区军政，权力之大，令同行侧目。5月，国民党召开“六大”，顾祝同连任六届中央执行委员。抗日战争胜利后，顾祝同在第三战区接受日军的投降，9月8日，在南京举行的中国战区日军投降典礼上，中国陆军总司令何应钦接受日本侵略军总司令冈村宁次的投降。顾祝同作为中国陆军代表也参加了这一仪式。
1946年5月，国民党中央军事机关仿美改制，顾祝同出任陆军总司令，与海军总司令陈诚、空军总司令周至柔并列为军事巨头。全面内战开始后，顾祝同充当了蒋介石的内战急先锋。9月，他指挥徐州、郑州一线32个旅(师)计30万人进攻冀鲁豫解放区，结果被刘邓大军歼灭5万多人，狼狈退回。
1947年3月，国民党组成的陆军总司令徐州司令部，以顾祝同指挥原徐州、郑州两绥署兵力两个机动兵团及两个“绥靖”区部队，共60个旅45万余人，采取密集靠拢、逐步推进的战术，企图消灭华东野战军于沂蒙山区。当年在江西、苏中时的老对手、华野正副司令陈毅、粟裕将军采取挖心战术，于5月底在孟良崮地区全歼国民党五大主力之一、整编74师。顾祝同遭此失败后，并没有就此罢休，而是硬着头皮继续较量，结果一输再输。6月顾祝同又采取所谓的重兵重迭交互前进的战术，再犯沂蒙山区。此时刘邓大军已突破黄河天险，开始了战略进攻。顾闻讯后，急忙调兵遣将进行堵截，但在刘邓大军的打击下损兵折将。到7月上旬，顾祝同被解放军赶出鲁中地区，他苦心经营的对山东重点进攻方案宣告破产。
1948年5月，顾祝同任参谋总长一职，协助蒋介石继续策划反人民内战，企图挽救颓势。辽沈战役打响后，人民解放军包围了锦州。此时国民党军在东北只剩长春、沈阳、锦州三个战略据点，锦州是沟通关内关外的咽喉，如果失守，东北就玩完了。为解锦州之围，顾祝同以参谋总长和最高当局代表的双重身份，与东北剿总司令卫立煌同机飞往东北，执行蒋介石调出沈阳主力支援辽西的计划。在飞行中，卫立煌建议先飞到锦州，与守将范汉杰商讨作战计划。但到锦州上空时，顾看到解放军正在炮击锦州机场，担心降落后无法再起飞，就拒绝了卫的建议，直接飞到了沈阳。到沈阳后，卫立煌为了说服顾改变由沈阳出兵支援锦州的命令，特意在家中设宴招待他，并授意廖耀湘提出一个从营口海上撤退的方案。但不管卫、廖如何陈述理由，顾祝同就是一句话：“总统的命令，不能违背。”最后，顾祝同与卫立煌大吵大闹，猴急中将一切不堪入耳的话都说了出来。然而全不管用，和他一样发急的卫立煌为之赌咒发誓，还要与其打赌画押，最后的结局则是在一片互相攻讦中，47万“国军精锐”彻底完蛋。 |
