这桩冤案导致崇祯皇帝自毁长城，而皇太极的反间计取得了巨大成功。此事以后，明朝“边事益无人，明亡征决矣”。皇太极继续加紧对明朝的攻伐，在有名的大凌河围城战中极大打击了明朝在关外的精锐部队。后又在松锦决战中击败明军，洪承畴、祖大寿等人相继投降，明军精锐伤亡殆尽，大清基业得以奠定。
尽管皇太极几次进行“入口之战”，自己没有能在生前率兵通过山海关，但他成功用计除掉了劲敌袁崇焕，为后来清军的入关奠定了基础。
明朝灭亡以后，清朝统治了中国二百多年。在清朝鼎盛时期，西方资本主义发展较快的国家已经在窥伺中国的土地。在他们用大炮和鸦片撞开中国大门前，西方列强的传教士就已捷足先登。这些传教士对大清帝国进行的各种间谍活动，几乎成了中国谍报史上的一道独特景观。他们甚至渗透到朝廷内部，参政议政，大肆进行谍报活动，企图左右清廷政事。在清康熙皇帝颇为辉煌的六十余年的帝王生涯中，就曾有数名外国传教士活跃在他身边。
耶稣教会的传教士南怀仁尤其受到康熙的器重，还被委以官职。公元1676年，在沙俄和清政府就东北边界领土争端问题进行谈判时，南怀仁向沙俄透露说清政府现在正面临着汉族百姓不满、蒙古族又难以控制的难题，还向沙俄使团提供了一张机密地图，使得沙俄使团的态度十分嚣张，最后谈判无果而终。
公元1689年，在尼布楚进行的清政府与沙俄之间的边境领土谈判中，由于担任翻译的葡萄牙传教士徐日升、法国传教士张诚向沙俄使团提供了中国的内部情况和一幅中国地图，沙俄在与清政府签订的《尼布楚条约》中才能得到从额尔古纳河到贝加尔湖的大面积领土。
《尼布楚条约》签订后到鸦片战争，沙俄不断地把东正教传道团派往北京，把它当做是一条有效的谍报工作渠道。传道团的使命表面上是为了主持当地俄罗斯人的宗教和传教活动，实质上却是从宗教方面打开中国的缺口，获取情报。沙俄的传道团实际上是西方列强在中国最早的常驻间谍机构。沙俄在北京设立的俄罗斯书馆也是一个间谍机构，他们不仅搜集中国情报，而且还侦察中国与其他国家的外交活动。
随着中国国门的打开，各国传教士在中国的间谍活动也日益猖獗。
公元1831年，普鲁士传教士郭士立等人，乘一艘伪装的商船，公然在中国沿海的厦门、福州、宁波一带活动。他们测量长江、黄浦江的水域，并连续一星期实地查点了进入吴淞口帆船的数目，还窥探了海防重地和驻防清军的武器装备，搜集到了大量有关中国的军事、政治、经济情报，测绘了中国沿海港口、海湾、河道的地图，这是西方列强一次有计划的战略侦察。
郭士立等人的间谍活动为英国发动1840年的鸦片战争创造了有利的军事、外交条件，最终使得中国战败，签订了丧权辱国的《南京条约》。
可见，在清代，外国以传教士为幌子而进行的间谍活动对中国危害的程度已经达到了史无前例的地步。然而闭关锁国的清政府无法理解外国商船所进行的谍报活动的真正含义，中国的落后，不仅表现在经济、政治上，而且在军事和谍报领域也都充分地显示了出来。
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