慈禧太后怕君权旁落，加之对袁世凯已生疑忌，不同意设立责任内阁，仍旧保留了军机处。袁世凯没有捞到副总理大臣，反于1906年因中央官制改革被迫辞去兼职，并将北洋军一、三、五、六各镇交陆军部直接管辖。1907年，又被清廷以明升暗降之法调离北洋军，到北京任军机大臣兼外务部尚书。
1908年11月，光绪帝、慈禧太后相继故去，宣统帝继位，摄政王载沣监国。载沣当政以后，对袁世凯势力的过分膨胀心有余悸、深感不安。1909年1月以袁世凯“患足疾”，将其开缺回籍养病，剥夺了他的一切军政大权。
但是，袁世凯已利用新政时期急剧扩张的军事政治实力，将其“爪牙布于肘腋”、“心腹置于朝列”了。
要闻内幕之二：罢免袁世凯细节
关于袁世凯被罢免的细节，说法不一。多说皇族亲贵中的少壮派本想置袁世凯于死地，或至少予以重惩，但军机处元老均反对，故借“足疾”之名将其开缺。
据当时在清廷任职的恽毓鼎密函称：
决定罢免袁世凯时，初拟谕旨中本有“跋扈不臣，万难姑容”八字，以革职编管处理。军机大臣世续入见，力为袁世凯解脱，遂改为后来公开的免职谕旨。军机大臣张之洞入见，也为袁世凯说情，并力陈袁世凯之才可用，弃之可惜。摄政王载沣称：“我亦知其有才，但不忍用之，如用之，我无颜以见皇太后。”张之洞乃不敢置词，惟云：“袁本有去志，可否使乞骸骨，因而允之。”载沣不悦道：“公不要再哓哓不休，奉行制书就是了。”
袁世凯既闻罢职之命，长子袁克定又忽对其说，听说是要诛杀父亲。袁世凯大惧，立即微服往天津投奔亲家杨士骧，并准备乘轮船赴日本避祸。世续恰往袁宅慰问，仆人称袁生病不见客。世续推门而入，仆人没办法，方吐实情。世续大惊，道：“若如此，大祸真要临头了！”急打电话催袁世凯还朝，称：“决无后命。”奕劻保其无事，杨士骧亦劝回京，袁世凯才于次晨返京。四天后，挈家离京。
载沣之弟载涛回忆道：
载沣摄政以后，眼前摆着一个袁世凯，处于军机大臣的要地；而奕劻又是叫袁拿金钱喂饱了的人，完全听袁支配。近畿陆军将领以及几省的督抚，都是袁所提拔，或与袁有秘密勾结。他感到，即使没有光绪帝的往日仇恨，自己这个监国摄政亦必致大权旁落，徒有虚名。至于传闻之说，如光绪临危拉着载沣的手，叫他杀袁世凯；又如隆裕面谕载沣，杀袁给先帝报仇等等，载沣生前并没有向我说过，或许是他保密的缘故。因此，是否真有其事，我也无从判断了。 |
