1905年4月，美国驻华公使柔克义与梁诚就退款问题曾有一次重要谈话。柔克义转达了美国总统罗斯福的意思：总统认为，此项赔款摊付之法，中国早已筹定，若果交还，不知是否摊还民间，抑或移作别用。
这无疑是在干预中国内政，但“弱国无外交”，梁诚早已洞悉美国要将退款用于在中国办学，立刻致函外务部，声告美国政府：请将此项赔款归回，以为广设学堂遣派游学之用，在美既喜得归款之义声，又乐观育才之盛举。
1907年12月，美国总统罗斯福向国会提出咨文，中有：
美国政府除确实费用及一切损失赔偿1165万元（此处指美元——编者注）之外，所余1200万余元，实为浮数，受之有惭德，应以之退还中国，以全友谊。中国已支付超过1165万元的部分（964万余元），分期于中国每年分付赔款内减还。
美国宜实力帮助中国厉行教育，使此巨数之国民能以渐融洽于近世之境地。援助之法，宜招导学生来美，入我国大学及其他高等学社，使修业成器，伟然成才，谅我国教育界必能体此美意，同力合德，赞助国家成斯盛举。
1908年5月25日，美国国会通过罗斯福咨文及退还庚子赔款案。7月11日，美国驻华公使柔克义正式照会声明清廷，告以退还赔款之议。9月14日，清廷答书：
本国政府久感贵国邦交之笃，而无由申达谢悃，今大国如是盛举，何可不谢。敝国闻贵国大伯里玺天德曾有愿中国学子留学贵邦之言，且敝国亦仰贵国教育之发达，是以敝国政府现已决意用此退还之赔款，每年派遣学生若干人至贵国留学，已另咨贵国外务部与贵国使臣会商一切办理之法，敬布腹心，伏唯照察。
同时附书美国公使，知会派遣留学生办法：一至四年，岁派学生一百人；五年后每年派五十人，直至该项退款用毕为止，并派唐绍仪为专使，就退还赔款之事，赴美国答谢。此乃美国退还庚子赔款的全过程。
这里，应该特别指出：一、美国退还的庚子赔款，是其自己认定“实为浮数，受之有惭德”的部分；二、即这部分款项的退还，亦属有条件的退还。
要闻内幕：促使庚款办学的三个美国人
第一个人是美国国内教育界名流，伊利诺伊大学校长詹姆斯。他于1906年初向西奥多·罗斯福总统呈递了著名的《关于派遣教育考察团去中国的备忘录》，要求美国政府加速吸引中国留学生到美国去，鼓动政府应将退还之款用于中国的教育事业并规划了实施办法。他断言：
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