但是，无能无知无情的几代朱家天子，再加上积年不断的阁臣内斗，一步步地毁掉了这道本来固若金汤的长城。
第一个被清算的是熊廷弼。熊廷弼，字飞百，江夏（今湖北武昌）人，史书上说他身长七尺，善左右骑射，性刚烈。无疑，从外形上看，这是一个楚霸王式的英雄，但其实不是，熊其实是一个标准文人。他是万历二十六年进士，做了很长一段时间的文职。不过，与朝中的阁臣相比，他是常年接触军事的文臣，所以身上更多的是军人的特质。
人们常说，性格决定命运。在熊廷弼的身上，这是最好的体现。这是一位具有文人清高品格与武人刚强作风的将军，明史上对他的评语是“性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附”。从熊廷弼开始，明朝的军人将领与阁臣间的分歧就开始出现，并一发不可收拾。
人们常用三起三落来形容一个人的宦海浮沉，在熊廷弼的身上，同样也有明显的三起三落，而每一次起落都与阁臣的内斗有关。
第一次起落在万历二十八年。文官熊廷弼受明廷委托前往巡按辽东，辽东土地广旷，熊廷弼针对此提出军队在此屯田地的建议，受到明廷的称道。于是，熊得以在辽东实施自己的军事抱负。像徐达、戚继光、熊廷弼这样的良将，他们不是靠打胜仗多杀人为资本，而是在军事上具有极高远见、在民事上关心百姓疾苦的建设性人才。熊廷弼在辽东数年，最大的贡献不是攻城夺地，而是以防守换来和平。当时军队纪律松弛，战斗力极差，且多以偷袭女真营塞为胜事，熊廷弼杜绝了这种急进短视盲目邀功的行为。他修城堡、建立防线，严整军纪，与女真族人建立关系，坚持“实内固外”及“以夷制夷”的攻略，辽东有他，局面为之一新，稳定了数年。
可惜，在一个已经习惯了纸上谈兵朋党政治的文官集团面前，实干性人才总是因为其稳健作风、特立独行的风范遭人诟病。性格刚正的熊廷弼也不例外。因为与当时的巡按御史荆养高发生矛盾，熊廷弼被其拿一个小小的事件做引子，竟然被免去了职务，回家听候处理。
对于熊廷弼来说，这是他仕途上的第一次被打压。世故圆滑的人，当从中吸取教训，以免重蹈覆辙，不过熊飞百却不是那一类人。他在家中沉寂的数年间，没有反思如何练成政治高手，而是仍然关注和研究辽东军事，充满了报效国家之情。
万历四十六年，女真族的新领袖，以十三副盔甲起兵的努尔哈赤突然起兵，攻打抚顺，辽东经略杨镐仓促应战，结果在抚顺附近的萨尔浒被打得大败，戚继光坐下名将刘显之子刘挺、武艺高强的大将杜松等人均阵亡，此战历史上称为“萨尔浒之战” |
