5月30日，伯希和等人结束了敦煌的考察，一面派人把大批文物运往巴黎，一面又沿河西走廊进入中原，最后在10月5日到达北京，采购图书。狡猾的伯希和知道写本尚在途中，这次来京，对在莫高窟得到写本的事守口如瓶。
同年12月，伯希和回到河内的远东学院。1909年5月，伯希和又受法国国立图书馆委托，从河内出发，经南京、天津，到北京购买汉籍。这时，从藏经洞劫得的大批文献已安全运抵巴黎，入藏法国国立图书馆。伯希和于是随身携带一些敦煌珍本，如《尚书释文》、《沙州图经》、《慧超往五天竺国传》、《敦煌碑赞合集》等，来到北京，出示给北京的中国学者，目的是买好他们，以取得在收购珍本汉籍时的帮助。
当时在北京的许多著名学者如罗振玉、蒋伯斧、王仁俊、董康、宝熙、柯劭、江瀚、徐枋、吴寅臣等，都前往伯希和寓所参观或抄录，他们为这些珍贵写本落入外人手中大为震惊，立刻上书清朝学部，电令驻兰州的陕甘总督，让敦煌县知县调查清点藏经洞文献，不许卖给外人，并让甘肃布政使何彦升押运送京，交京师图书馆（今北京图书馆）收藏。王道士好像早就料到这一点，在官府清点之前，他早把一些比较好的写本转移收藏起来。而前来押运的清朝官吏很不用心，并没有把藏经洞文献收拾干净，而且沿途又遗失了不少。当运载写本的大车进了北京城后，押运官何彦升并没有马上移交学部，而是拉到自家宅院内，伙同亲友李盛铎、刘廷琛等人，把其中的许多珍贵写本据为己有，然后才把剩下的交给学部，入藏京师图书馆，总共约九千多件。
何家藏品后来卖给日本京都藤井氏有邻馆；李家藏品一部分归南京国立中央图书馆，今在台北，其他也大部分转售日本了。王道士隐藏起来的写本，一部分后来送给了斯坦因，还有一部分在1911—1912年间被日本大谷探险队的吉川小一郎和橘瑞超买走，总数也有数百卷。大谷探险队的成员，没有经过考古学的训练，从他们在新疆盗掘古墓的行径来看，也不是虔诚的佛教徒。他们得到敦煌写本后，既没有编目，也没有马上放入博物馆保存，以至后来流散各地，甚至不知所在。
最后一个来藏经洞但收获并非最少的人是俄国的奥登堡。他是帝俄时期的著名佛学家，在1914？1915年间，率领俄国考察队来敦煌活动，他们测绘了莫高窟400多个窟的平面图，还拍摄了不少照片。据说他们还在已经搬空了写本的藏经洞从事了挖掘，结果获得了大批材料，虽然多是碎片，但总数在10000件以上，它们目前收藏在苏联科学院东方学研究所列宁格勒分所。因为奥登堡的工作日记一直秘藏在苏联科学院档案库，所以奥登堡究竟是如何搞到这么多藏经洞文献的，至今仍然是一个谜。 |
