忽必烈称帝后，其保守、嗜利和黩武等消极因素都有发展。采行汉法、改革落后旧制的工作陷于停顿。邀宠大臣阿合马等人主持国政，吏治腐败，专注搜刮，阻碍了社会经济的发展。同时，为了对外战争，打造出征海船，沿海和江南地区徭役日益加重。人民不堪沉重的封建剥削与压迫，纷纷起义。而这时，大漠南北受封的蒙古诸王连年相互混战，有的甚至叛离朝廷。因此，在忽必烈在位35年于1294年逝世之后，元朝已是强弩之末，皇位递传九代仅74年，农民大起义埋葬了曾经不可一世的大元帝国。
兴盛162年，看起来时间不算短，但在历史的长河中，也不过弹指一挥间。蒙古民族的兴衰更替，正如古书所说：“其兴也勃焉，其亡也忽焉。”
元朝灭亡，残余力量退居蒙古草原，史书称之为北元，持续年代从1368年至1402年，为漠北西部崛起的瓦喇部取代。
明朝建立，把北元视为心腹之患，曾多次进兵漠北，在绥服近边蒙古诸部后，陆续在辽东、漠南、嘉峪关外和哈密等地设置蒙古卫所，企图以此为屏障，把漠南和漠北蒙古隔绝起来。退居漠北的蒙古大汗，局促一隅，权威低落，大小封建主实行割据，内讧不已，明王朝又从中挑拨，使之“人自为雄，各自为战”。到15世纪中叶，瓦喇封建主也先力量壮大，取代北元，西征哈密，东取辽东，南犯明朝边境，蒙古民族一度中兴。1449年，也先部在北京附近八达岭外土木堡(今怀来县东南)所进行的“土木之役”中，曾俘虏明朝皇帝明英宗，接着又攻到北京城下，只是由于明朝大臣于谦率众拒守，也先未能得逞。但从此明朝军队全部退入长城以内。不过，瓦喇部好景不长，到15世纪末叶，达延汗兴起，他消灭权臣，削平割据势力，调整蒙古的封建秩序，把当时错落纷纭、各不相属的大小领地，合并为六个万户，重新划分领地，各部驻牧地区得到稳定，经济逐渐恢复。达延汗死后，蒙古各部又趋分裂。但这时已与前期的分裂战乱和经济衰败的情况不同，各部只是脱离大汗的控制，尚未兵戎相见，经济也略有发展，与明朝之间也保持着相对的和平。
1644年，明朝灭亡，清朝建立。清朝统治者根据自己同蒙古族长期接触的实际政治经验，总结历代中原王朝常败于北方民族入侵的历史教训，制定了一系列统治蒙古族的政策。他们从入关前的努尔哈赤时期起，前后花费了近一百五十年的时间，终于制服了蒙古各部。
首先是实施盟旗制度，将原来的“爱马克”(血缘集团)、“鄂托克”(地域集团)等大小领地拆散、合并，重新改编为许多互不相属的旗，作为军事行政单位。通过两大行政管理系统，即实行大臣、将军直接节制的总管旗制“内属蒙古”系统，及实行理藩院监督的札萨克旗制“外藩系统”，以防范内外蒙古联合抗清，从而加强了中央王朝对蒙古地区的控制。旗之上还有“部”、“盟”两级组织，旗以下有“佐”为基层单位。内蒙古划分为6盟24部51旗，外蒙古划分为4盟4部86旗。清政府还规定了旗札萨克(旗长)的权限，严格划分旗界，不准越界游牧、耕种及往来、婚嫁，固定了牧民对各等级封建主的依附关系，也限制了封建主滥施权力及相互勾结。 |
