从毛泽东处回来后，周恩来随即紧急召集李富春、李先念、叶剑英、萧华、杨成武、谷牧、余秋里等同志开会。会上，周恩来传达他中午向毛泽东汇报的情况，说毛泽东当即表示同意实行全面军管。会议商定对铁路交通实行全面军管的具体实施措施：尽快公开发布关于不许中断铁路、轮船交通运输的命令；将全国18个铁路局分给附近驻军实行军管包干，将沿海、沿江轮船交给海军实行军管包干；参加军管的军队均与当地军分区、武装部分开；责成总参谋部负责拟定调动部队的计划，次日拿出方案。
会后，周恩来给陈伯达、江青、康生写了一封信，通报了上述情况。尽管江青一伙对军管极为不满，但由于有毛泽东的“最高指示”，也无可奈何。6月1日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组联合发出《关于维护铁路交通运输革命秩序的命令》。《命令》下达后，铁路交通系统全面军管立即实行。
“铁路问题是关系整个国民经济生活首要解决的问题。”
全面军管后，全国铁路交通的混乱局面得到一定的控制，铁路交通运输状况有所好转。但是，林彪、江青一伙策动的武汉“七·二”事件，在全国范围内刮起“揪军内一小撮”的狂风，煽动造反派揪斗军队领导干部，冲击军管会，大搞“文攻武卫”，造成大武斗的“全面内战”，铁路交通又首当其冲。有些地方的造反派，拦截火车当作武斗工事；有些造反派甚至用火车设置路障，切断交通，以断绝对方“援兵”；许多地方的铁路交通事故频频发生。因此，从1967年5月开始，铁路运输量大幅度下降。铁路平均日装车数191万车，仅为计划日装车数的46%。
对于这种严重动乱的局势，毛泽东在南巡途中谈话时，对造反派头头和红卫兵提出了批评，说“现在正是他们犯错误的时候”，并号召各派群众组织实行“革命的大联合”。
根据毛泽东南巡谈话的精神，周恩来采取了一些实际措施，提出派野战军到铁道两侧护路的建议。1967年7月25日，他在一个报告中拟定护路方案，对京广、陇海、津浦、沪宁、浙赣等主要铁路干线，分别指定有关部队包下来。当天，周恩来将这个护路的具体方案报送毛泽东。毛泽东批准这个方案后，周恩来立即主持起草《关于派国防军维护铁路交通的命令》( 以下简称《命令》)。8月10日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组联合发出了这个《命令》。
为落实这个《命令》，制止派性大武斗和阻断铁路交通的行为，周恩来一方面要求铁道部、交通部派人到各铁路干线去疏通、劝导铁路系统两派群众组织停止武斗，不要停车；另一方面夜以继日地同各地群众组织代表谈话，批评和说服他们停止武斗，恢复铁路运输。8月21 日，他在接见工交、财贸、农林口各部群众组织代表和驻各部军代表、抓生产业务的负责人，以及有关院校学生代表时，强调指出： |
